קהילת יונתן לא עמדה בהסכם הפיתוח של המגרש שקיבלה מעיריית הוד השרון ולאחר חמש שנים הוחזר המגרש לעירייה.
אחד מהדברים הראשונים שראש העיר, אמיר כוכבי, עשה עם כניסתו לראשות העיר הוא לשכנע לתת אישור לקהילת יונתן, לבנות מבנה ענק של 1200 מ"ר על מגרש בגודל של כשני דונם ברחוב השקמים שצמוד כיום לתיכון ולחטיבת השקמים. שווי המגרש מוערך במיליוני שקלים. כבר אז השכנים התנגדו, אדריכל העיר התנגד, וחלק מחברי מועצת העיר התנגדו. זה לא עזר והרב בוידן, יו"ר קהילת יונתן ביחד עם רעייתו שרה בוידן ז"ל, חתמו על ההקצאה. בחתימת הסכם הקצאת הקרקע התחייבה עמותת קהילת יונתן להעביר בטחונות לעירייה של 4 מיליון ₪ כהתחייבות המראה שיש לעמותה כסף לבנות את משכנה אך העמותה לא עמדה בהתחייבות לסיים את הבניה וכל פעם שלא התקדמה בבניה ביקשה הערכה לעוד שנתיים.
ראש העיר אמיר כוכבי הידוע בעמדתו ובאהדתו לקהילת יונתן אישר את הדחיה למרות שהשלד של המבנה עמד כאבן שאין לה הופכין.
בחוות הדעת התכנונית כתב אדריכל העיר, יואב קבסה כבר בשנת 2018: "לפי התכנון הנוכחי, שטח ההקצאה לקהילת יונתן ממוקם באופן החוצץ בין אולם הספורט המתוכנן לבין מגרשי הספורט המתוכננים במגרש. בנוסף, לעת הקמת בית הספר התיכון יידרש מגרש ספורט נוסף שלישי, מעבר ל-2 מגרשי הספורט שיוקמו עבור חטיבת הביניים. כיום מתוכנן מגרש הספורט השלישי מחוץ לגבולות השטח לבנייני ציבור, ואלמלא הוקצה השטח ניתן היה למקם את מגרש הספורט השלישי בתחום המגרש, ברצף עם אולם הספורט ולאפשר חצר גדולה יותר לבית הספר". לדעת אדריכל העיר, זהו תכנון מיטבי יותר של המגרש. עוד נכתב במסמך: "חטיבות קרקע בסדר גודל המתאים לשני בתי ספר הן מעטות ברחבי העיר, ויש לשמור אותן להקצאה עבור שימושים אלה".
למרות שאדריכל העיר התריע ואמר, בנובמבר 2019 העניק ראש העיר, אמיר כוכבי, היתר בנייה למשכן קהילת יונתן. מבנה עצום בגודל של 1200 מ"ר בלב שכונת מגורים. במרץ 2020 התחילה עבודת הבנייה לבניית משכן הקבע של קהילת יונתן שאמור היה להיות מרכז ליהדות ברוח מסורת יהודית ופלורליסטית, אשר יכלול בית-כנסת, אולם הרצאות רב תכליתי, חדרי לימוד וגן ילדים ואולם לאירועים לחברי הקהילה.
העלות המוערכת לבניית המבנה הייתה בשנת 2020 מעל ל-8 מיליון ₪.
חלק מחברי המועצה ידעו מראש שאין סיכוי שקהילת יונתן תצליח לסיים את המבנה העצום והמקום יהפוך לפיל לבן וכך במשך מספר שנים והרבה מאוד זמן לאחר ההתחייבות של קהילת יונתן לסיים את הבנייה שום דבר לא קרה. אפילו את השלד הם לא סיימו לבנות והוא עומד תקוע בין התיכון והחטיבה.
הרב בוידן, ראש קהילת יונתן, אמר לירוק: "הוחזר המגרש לעירייה בהתאם לתנאים המפורטים בהסכם ההקצאה.”
תגובת עיריית הוד השרון לא התקבלה עד סגירת הגיליון.
לירוק נודע שקהילת חב”ד הוד השרון כבר שוקדים על הכנת בקשה להקצאת הקרקע במקום קהילת יונתן. משפטית ככול הנראה יהיה קשה לראש העיר לסרב לבקשתם לאחר שלקהילת יונתן הוא אישר.